Ducati cho biết việc chọn Panigale V2 S để đánh số không phải ngẫu nhiên, bởi cả Marquez lẫn Bagnaia đều dùng chính mẫu xe này để luyện tập. Quy định MotoGP giới hạn nghiêm ngặt việc tập luyện hay chạy thử nghiệm trên xe đua thật, nên Panigale V2 S trở thành chiếc xe giúp họ duy trì cảm giác thi đấu.

Phiên bản Panigale V2 MM93 sở hữu màu sơn mô phỏng thiết kế được Marquez sử dụng trong buổi thử đầu tiên trước mùa giải 2025, bỏ qua bộ tem tài trợ thông thường để thay bằng tông đỏ-đen, xoay quanh con số 93 đặc trưng.

Trong khi đó, FB63 có phong cách phức tạp hơn, lấy cảm hứng từ họa tiết ngụy trang đỏ - đen xuất hiện trên mũ bảo hiểm, găng tay và giày của Bagnaia trong mùa giải 2025.

Cả hai phiên bản đều được nâng cấp giống nhau so với Panigale V2 S tiêu chuẩn. Đáng chú ý nhất là bộ mâm hợp kim nhôm rèn 5 chấu, có thiết kế đơn giản hơn loại chữ Y của bản tiêu chuẩn, giống bộ mâm của chiếc Desmosedici GP. Bộ mâm này nhẹ hơn 1,5 kg, giúp giảm khối lượng quay không tải, từ đó giảm quán tính đáng kể.

Ducati cho biết mức giảm là 27% ở bánh trước và 21% ở bánh sau, giúp xe linh hoạt hơn và tăng tốc nhanh hơn. Do lực quán tính quay giảm, Ducati cũng thêm trợ lực tay lái Ohlins có thể điều chỉnh để tăng độ ổn định.

Ghi đông được hạ thấp, với chảng ba nhôm CNC mới và tay lái clip-on kèm tay nắm mô phỏng thiết kế xe MotoGP. Cả hai chiếc đều có kính chắn gió cao hơn.